Specjalizacja historii filozofii i jej katedry pełniły swoje zadania w ramach Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej od chwili powstania Akademii Teologii Katolickiej w 1954 roku. Do 1957 r. funkcjonowały dwie katedry: 1) Katedra Podstaw i Historii Filozofii Chrześcijańskiej oraz 2) Katedra Historii Filozofii Powszechnej. Następnie pierwszą z Katedr przekształcono w Katedrę Logiki, Ogólnej Metodologii Nauk i Teorii Poznania, co w sposób naturalny usytuowało ją poza Specjalizacją Historii Filozofii. Katedra druga przemianowana została na Katedrę Historii Filozofii, która przez ponad ćwierć wieku stanowiła zarazem całą Specjalizację. W roku 1983 Katedrę Historii Filozofii przekształcono w trzy osobne, funkcjonujące do dzisiaj katedry: 1) Katedrę Historii Filozofii Starożytnej i Średniowiecznej, 2) Katedrę Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej oraz 3) Katedrę Historii Filozofii Polskiej.

Katedrą Podstaw i Historii Filozofii Chrześcijańskiej kierował ks. Prof. dr hab. Piotr Chojnacki, którego zainteresowania naukowe skupione były wokół różnych problemów filozoficznych, a ponadto psychologicznych, epistemologicznych, logicznych i metodologicznych. Badał początki filozofii chrześcijańskiej, a także podstawy i założenia różnych kierunków nowożytnych i współczesnych, np. fenomenologii i egzystencjalizmu. Ks. prof. dr hab. Kazimierz Kłósak kierował Katedrą Historii Filozofii Powszechnej, będąc zainteresowany głównie problematyką filozofii przyrody. W jego badaniach można by wyakcentować tematykę powiązań między kosmologią i filozofią bytu. Z kolei w latach 1956-1963 kierował Katedrą prof. dr hab. Wiktor Wąsik , który z trudem odtwarzał zasoby archiwalne dotyczące historii filozofii polskiej zniszczone podczas II wojny światowej. Wyniki tych opracowań ukazał w 1959 r. w książce „Historia filozofii polskiej”.

W latach 1963-1967 Katedra Historii Filozofii nie była obsadzona. W roku 1967 na kierownika Katedry Historii Filozofii został powołany prof. dr hab. Mieczysław Gogacz, który prowadził ją do końca jej istnienia w 1983 r. Po podziale tej Katedry M. Gogacz został kierownikiem Katedry Historii Filozofii Starożytnej i Średniowiecznej oraz koordynatorem Specjalizacji. Stanowiska te piastował do chwili przejścia na emeryturę w 1997 r., pełniąc jednocześnie obowiązki kierownika pozostałych katedr. W 1993 r. na stanowisko kierownika Katedry Historii Filozofii Nowożytnej i Współczesnej został powołany dr hab. Tadeusz Klimski (od 1997 - prof.), a w 1996 r. kierownikiem katedry Historii Filozofii Polskiej został dr hab. Stanisław A. Porębski. Prof. T.Klimski pełnił także w latach 1997-2001 obowiązki kierownika Katedry Historii Filozofii Starożytnej i Średniowiecznej.

Prof. M.Gogacz kierował więc pracami Katedry i Specjalizacji Historii Filozofii przez pełne pokolenie i odcisnął niezatarte piętno na jej charakterze i zainteresowaniach, zwłaszcza, że wszyscy aktualni pracownicy naukowi Specjalizacji są uczniami (w różnym stopniu) M.Gogacza, wykształconymi (z jednym wyjątkiem) na ATK i na UKSW.

W 2001 r. kierownikiem Katedry został dr hab. Artur Andrzejuk (od 2003 - prof. UKSW). Od 2006 r. w Katedrze na stanowisku adiunkta zatrudniony został ks. dr A. Filipowicz, zaś od 2011 dr M. Płotka oraz dr M. Zembrzuski.

Charakter naukowy specjalizacji nadawali przez swoje zainteresowania profesorowie nią kierujący.
Zainteresowania prof. W.Wąsika, dotyczące historii filozofii polskiej w szczególny sposób związane były z badaniami nad arystotelizmem i jego recepcją w Polsce. W związku z tym zajął się bliżej tłumaczami i popularyzatorami arystotelizmu takimi jak: Andrzej z Kobylina, a przede wszystkim Sebastian Petrycy z Pilzna . Prof. W.Wąsik jest autorem ok. 50 prac. Na uwagę zasługują również prace: dwutomowa „Historia filozofii polskiej” oraz „System pedagogiczny Sebastiana Petrycego z Pilzna” .

Zajęcia dydaktyczne w Katedrze prowadził od 1963 r. ks. bp prof. Bronisław Dembowski, pod którego kierunkiem powstało wiele prac z zakresu nowożytnej filozofii polskiej.

W 1970 roku, za rządów rektora Józefa Iwanickiego, ukonstytuowała się przy Katedrze Historii Filozofii Komisja do Badań nad Historią Filozofi i Teologii w Polsce, która rozpoczęła wydawanie serii „Textus et Studia Historiam Theologiae in Polonia Excultae Spectantia”. Komitet Redakcyjny tworzyli: Mieczysław Gogacz, Jerzy B. Korolec, Stanisław A. Porębski, Bernard Przybylski, Stefan Swieżawski, Władysław Seńko, Adam Ludwik Szafrański, Zofia Włodek. Dotychczas ukazało się 28 tomów w 38 woluminach. „Textus et studia” poświęcone są edycjom łacińskich tekstów rękopiśmiennych oraz pracom monograficznym. Dotychczas ukazały się wybrane teksty takich autorów jak: Mateusz z Krakowa, Stanisław ze Skarbimierza, Jakub z Paradyża, Benedykt Hesse z Krakowa, Jan z Kwidzynia, Jan z Trzciany i Jan Ostroróg.

W Katedrze Historii Filozofii pod kierownictwem M.Gogacza prezentowano poglądy różnych filozofów i szkół Europy, filozofów indyjskich i arabskich, skupiając się na dziejach filozofii bytu, antropologii filozoficznej, teorii poznania, etyki, filozofii kultury. Aspektem wyróżniającym tę specjalizację było odnoszenie wszystkich badanych ujęć do klasycznie rozumianej prawdy. Dawało to specyficzną przewagę aspektom metafizycznym we wszystkich ujęciach. Badania te stawały się historią metafizyki, co było zgodne z przyjętą metodą badawczą É.Gilsona. Ten plan realizowały zgodnie ze swoją specyfiką poszczególne Katedry. Starano się, aby wszystkie analizy i opracowania były związane z badaniem oryginalnych tekstów. W związku z tym zabiegano o studium języków, zarówno łacińskiego, greckiego, arabskiego jak i sanskrytu. Rozwinęło się studium języka łacińskiego i ułatwiło zwłaszcza rozwój badań nad filozofią średniowieczną. Spowodowało to, że w różnych środowiskach filozoficznych od ATK oczekiwano informacji o filozofii Arystotelesa i św. Tomasza z Akwinu, a głównie ich filozofii bytu. Troską otoczono także studium paleografii łacińskiej, umożliwiające kontakt z rękopisami niepublikowanych jeszcze tekstów. Związano to z wykładem historii tekstów filozoficznych. Wyniki pracy katedr publikuje się w seriach filozoficznych „Opera Philosophorum Medii Aevi”, wspomnianych „Textus et Studia” i innych.

Zainteresowania naukowe A.Andrzejuka skupiają się wokół zagadnień związanych z klasyczną teorią człowieka (w wersji tomizmu konsekwentnego) oraz etyką. W ramach historii filozofii A. Andrzejuk usiłuje restytuować - zapoczątkowane przez M.Gogacza - badania nad recepcją arystotelizmu w filozofii antycznej i średniowiecznej. Ważny etap tej recepcji i swoiste ogniwo pomiędzy antykiem i średniowieczem stanowi filozofia arabska. Temu zagadnieniu poświęcono kilka posiedzeń naukowych Katedr historii filozofii oraz w tej sprawie nawiązano kontakty z uczonymi z Uniwersytetu Egipskiego i Arabskiego Towarzystawa Filozoficznego. Kontynuacja badań Prof. M. Gogacza prowadzona przez A. Andrzejuka widoczna jest chociażby w publikacjach i obejmuje następujące pola: trzynastowieczna recepcja Liber de causis („Wstęp” do polskiego tłumaczenia „Komentarza do Księgi o przyczynach” Tomasza z Akwinu – „Biblioteka Klasyków Filozofii”, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2010); redakcja powstałych tłumaczeń wybranych „opuskulów” Tomasza z Akwinu wydana we wznowionej serii „Opera Philosophorum Medii Aevi. Textus et Studia” (Tomasz z Akwinu – Opuscula, „Opera Philosophorum Medii Aevi. Textus et Studia”, t. 9, fasc. 1 i 2, Wydawnictwo UKSW, Warszawa 2011); badanie recepcji myśli Tomasza z Akwinu w Polsce w XIX i XX w. (w druku obszerna publikacja pt. „Tomizm w Polsce - od Aeterni Patris do Soboru Watykańskiego II). Nowy element prac badawczych wprowadziły podjęte przez A.Andrzejuka studia nad Modlitewnikiem Gertrudy Mieszkówny z XI wieku. Zaowocowały one kilkoma ogólnopolskimi konferencjami naukowymi oraz publikacjami przedstawiającymi wyniki badań osób z różnych dyscyplin i ośrodków naukowych zostały upowszechnione za pomocą specjalnej strony internetowej: www.gertruda.eu. Osobnym tematem, aktualnie podejmowanym przez pracowników, współpracowników i doktorantów jest program badawczy dotyczący metodologii historii filozofii. Jego efekt został zaprezentowany na IV Kongresie Mediewistów Polskich w Poznaniu (19-21.09.2011) w oddzielnej sekcji: „Historia, historia filozofii i filozofia historii – problematyka metodologiczna badań nad filozofią średniowieczną”.